1865. aasta sügisel asutas grupp Tallinna elanikke Viru tänaval asunud kaupmees Trummeri majas laulu- ja mänguseltsi Estonia.
Kuigi seltsi esimesed protokollid kirjutati saksa keeles ja oli hetki, kus õllejoomine ning kaardimäng pidid venestamise õhkkonnas peaaegu lämmatama rahvusliku kultuuritegemise kõrged sihid, jõudis möödunud sajandi algusaastatel kätte periood, mil Estonia Seltsi juhatuse liikmeteks said Konstantin Päts, Jüri Vilms ning Konstantin Konik. Kultuur ja poliitika hakkasid vaatama samasse suunda. 1906. aastal asutati Paul Pinna ja Theodor Altermanni eestvedamisel kutseline teater “Estonia” ning Estonia Selts hakkas aktiivselt tegutsema uue teatri- ja kontserdimaja ehitamisega. Armas Lindgreni ja Viwi Lönni poolt projekteeritud maja pidulik avamine toimus 24. augustil 1913. aastal. See maja on koduks Rahvusooper Estoniale, Eesti Kontserdile ja meie seltsile kuni tänase päevani.
1918. aastal otsustas selts panna aluse professionaalsele muusikalisele kõrgharidusele Eestis. 1919 kinnitatud põhikirja kohaselt asutati Tallinna kõrgem muusikakool, mis 1923 nimetati ümber Tallinna Konservatooriumiks. Hiljuti tähistas Eesti Muusika- ja Teatriakadeemia oma sajandat juubelit.
Koos paljude teiste eestimeelsete organisatsioonidega sulges Nõukogude võim ka Estonia Seltsi. Oma tegevust alustati uuesti 27. märtsil 1990. Kuigi tänapäeval ei pea Estonia Selts enam hoolt kandma Rahvusooperi hea käekäigu eest, on paljud seltsi ettevõtmised ikkagi teatri aadetega seotud.
Eesti kultuuritegelaste portreede galerii, Tiit Kuusiku, Naan Põllu, Klaudia Maldutise ja Helmi Puuri fondid noorte lauljate ja tantsijate toetuseks, mälestuskivi Metsakalmistul pidamaks meeles neid estoonlasi, kes hukati Nõukogude võimu poolt Siberis – kõik need seltsi initsiatiivil toimunud sammud on teatud määral aidanud väärtustada teatri minevikku. Üheks kõige õnnestunumaks ettevõtmiseks oli kindlasti katusekivide kampaania, mille käigus Estonia Selts aitas koguda 60 tuhat eurot Estonia Teatri- ja Kontserdimaja katusekivide jaoks.
Koos Rahvusooper Estoniaga sai teoks vana ja uue teatrimaja lugu meenutav mälestusmärk Rävala puiesteel, samuti Arne Miku idee, mille kohaselt sümboliseerivad skulptor Tiiu Kirsipuu kujundatud mälestusplaadid teatrit ümbritsevatel tänavatel teenekate estoonlaste jalajälgi.
2001. aastal asutatud sihtasutus on lisanud hulganisti värve eesti rahvuskultuuri säilitamisele ja edendamisele: heategevuskontserdid Kuningas Arthuri Gala ning heategevuslikud motorännakud Kultuurne Motobande on kogunud ühtekokku üle 80 tuhande euro. Tänu Estonia Seltsi Fondile on saanud sepisväravad Peterburi Jaani kirik, restaureeritud on Tallinna ja Võru vanimad uksed, põranda on saanud alla Johan Laidoneri mõisa peasaal, renoveeritud Rudolf Tobiase sünnikodu aknad ning palju muud ootamatut ja pöörast, millele kindlasti on järgnemas samaväärilisi ettevõtmisi ka tulevikus.
Täna on seltsil 240 liiget ning 5 auliiget: Arvo Pärt, Neeme Järvi, Peep Lassmann, Arne Mikk ja Jutta Zilliacus. Estonia Seltsi juhataja on Mart Mikk. Uusi liikmeid hetkel vastu ei võeta.
